基于Julia语言的多线程barcode拆分拆分原理 软件的逻辑是首先获取 barcode 列表。然后采用多线程分别在 fastq 文件中并行提取对应 barcode 的 reads。 WGS 的下机数据经常出现在 fastq2 里。所以程序会从 fastq 中自动查找是否存在对应 barcode。 程序可以自动检测 barcode 始于开始还是末尾,计算 hanming 距离,运行 1bp 的 mismatch。 2024-09-20编程语言
Julia计算相关性检验众所周知,计算相关性非常的简单,因为R 语言中有函数cor.test(),该函数可以计算多种方法的相关性检验,返回相关性,Pvalue 等检验值,但是这个函数在Julia中并不存在,让 Julia 作为一门科学计算语言显得并不完美。2024-09-20编程语言
用julia实现bedtools的intersect-bed功能前言自己写的好几种算法企图实现 bedtools 的功能,虽然 julia 性能足够好,但都难以在效率上达到 bedtools 的性能,于是最后只能借助轮子了。2024-09-20编程语言
julia 入门指难如何安装 Julia有很多方法,其中最简单的就是去各大景象站点下载编译好的二进制包,例如 清华大学开源软件镜像站 北京外国语大学开源软件镜像站 上海交通大学软件源镜像服务 另外,可以使用包管理工具jill下载安装,2024-09-20编程语言
python, perl 和julia的性能对比在生物信息学中经常用到的脚本语言主要是python和perl,他们被用来处理文本,大量统计,流程控制等等,其自身也是各有优势。比如说perl天生就为了处理文本而生,但是python确是有名的胶水语言,特别在整合C代码时显示出巨大的优势,其语法简洁易懂,易于维护更让其成为仅次于C和JAVA的第三大语言,但其糟糕的性能在处理大量循环时会让人忍不住抓狂。因此,Julia语言应运而生,其控制了python中没必要的动态性,加之使用 JIT 技术让其能够保有高性能的同时具备简洁的语法。2024-09-20编程语言