首先在 shell 中测试如下命令12#!/bin/shtime gzip -d -c risearch_chr1:143971112-143971134:+:FAM72C.out.gz > risearch_chr1:143971112-143971134:+:FAM72C.out

Bedtools 作为基因组研究的 “ 瑞士军刀 ”， 功能强大且易于操作，是生信行业不可多得的好软件。通常对 bed 区间的注释，我们使用其中“ 求交集 ”的功能（bedtools intersect) ，但是有一个很不方便的地方，我们通常要生成对应的 bed 文件，再注释完成后还需要用 R 语言等读入才能继续分析，所以整合度不是很好，本文希望提供 R 语言的思路来解决该问题。

我们在运行 bwa mem 比对的时候，由于某些不明的原因会造成程序中断，例如内存超了，IO 错误，计算节点崩溃等，然而 BAM 是否完整很难察觉，最终导致后续流程无法运行。这里，我们通过一段简短的代码来检查 BAM 文件的完整性，代码如下：

如题，官方已经提供了一个 R 的版本createGCcontentFile.R ，但是根据代码就能看出这个版本非常占内存了，首先要把基因组整个序列都 load 入内存中去，每次计算出的矫正数据也是储存 dataframe 中。为了降低内存占用，也为了提高计算速度，我写了一个 julia 版本的。代码如下：

Julia 读取 BAM 的库想要计算Insert size，需要提供一个基因组比对后的文件，sam也好，bam也罢。那么，使用 julia 语言计算该值的第一步便是了解如何读取和解析BAM文件格式。

julia本身是一门很快速的语言，但是现代计算机往往具有多核心多线程设计，因此，充分发挥硬件，能进一步提高效率

拆分原理 软件的逻辑是首先获取 barcode 列表。然后采用多线程分别在 fastq 文件中并行提取对应 barcode 的 reads。 WGS 的下机数据经常出现在 fastq2 里。所以程序会从 fastq 中自动查找是否存在对应 barcode。 程序可以自动检测 barcode 始于开始还是末尾，计算 hanming 距离，运行 1bp 的 mismatch。

众所周知，计算相关性非常的简单，因为R 语言中有函数cor.test(),该函数可以计算多种方法的相关性检验，返回相关性，Pvalue 等检验值，但是这个函数在Julia中并不存在，让 Julia 作为一门科学计算语言显得并不完美。

前言自己写的好几种算法企图实现 bedtools 的功能，虽然 julia 性能足够好，但都难以在效率上达到 bedtools 的性能，于是最后只能借助轮子了。

如何安装 Julia有很多方法，其中最简单的就是去各大景象站点下载编译好的二进制包，例如 清华大学开源软件镜像站 北京外国语大学开源软件镜像站 上海交通大学软件源镜像服务 另外，可以使用包管理工具jill下载安装，