用julia实现bedtools的intersect-bed功能

前言自己写的好几种算法企图实现 bedtools 的功能,虽然 julia 性能足够好,但都难以在效率上达到 bedtools 的性能,于是最后只能借助轮子了。

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julia 入门指难

如何安装 Julia有很多方法,其中最简单的就是去各大景象站点下载编译好的二进制包,例如 清华大学开源软件镜像站 北京外国语大学开源软件镜像站 上海交通大学软件源镜像服务 另外,可以使用包管理工具jill下载安装,

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python, perl 和julia的性能对比

在生物信息学中经常用到的脚本语言主要是python和perl,他们被用来处理文本,大量统计,流程控制等等,其自身也是各有优势。比如说perl天生就为了处理文本而生,但是python确是有名的胶水语言,特别在整合C代码时显示出巨大的优势,其语法简洁易懂,易于维护更让其成为仅次于C和JAVA的第三大语言,但其糟糕的性能在处理大量循环时会让人忍不住抓狂。因此,Julia语言应运而生,其控制了python中没必要的动态性,加之使用 JIT 技术让其能够保有高性能的同时具备简洁的语法。

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